Actuelle (HFC V12) » Historique » Révision 7
Révision 6 (Xavier Bonnin, 05/04/2017 16:55) → Révision 7/12 (Xavier Bonnin, 05/04/2017 17:16)
h1. Actuelle (HFC V12)
h2. Description générale
La figure ci-dessous présente l'enchaînement de processus (worfklow) opéré par le pipeline du HFC pour traiter, insérer et rendre visible les données.
Ce workflow est executé toute les nuits de manière automatique: lancement via cron depuis la machine tycho pour l'execution des codes et le transfert des fichiers produits sur le serveur ftpbass2000. Puis lancement quelques heures plus tard toujours via cron mais depuis la machine voparis-helio, de l'insertion dans la base des données des nouveaux fichiers sur ftpbass2000. Les 3 tâches "exécution des codes", "copie sur le serveur ftp" et "insertion dans la base" sont indépendantes et réalisées par des scripts différents (voir plus bas).
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Les étapes de ce workflow ainsi que les interfaces utilisateur (boîtes vertes en bas de la figure) sont décrites dans les sections suivantes.
h2. Principales étapes du traitement et de la mise à disposition des données
Les principales étapes du workflow sont les suivantes :
# Lancement des FRC sur la machine tycho.obspm.fr par le script run_hfc_frc.sh. Les FRC sont lancés à 1 min d'intervalle, la plupart étant gérée via le gestionnaire SLURM (voir http://dio.obspm.fr/Calcul/tycho/ pour plus de détails)
# Une fois lancé, chaque code va se charger d'aller récupérer les dernières observations à traiter, d’exécuter l'algorithme de detection (ou tracking ou autre), puis de générer les fichiers contenant les résultats de la detection (.csv) et les quickloock (.jpg) des observations. (Sauf exception, chaque produit un jeu de fichiers (.csv, .jpg) par observation. Ces fichiers sont sauvegardés dans un dossier dédié sur tycho (/data)
# Un second script hfc_upload_fr.sh se charge ensuite de copier sur le serveur ftpbass2000.obspm.fr les derniers fichiers produits par les codes. Les fichiers copiés sont ensuite effacés sur tycho (le programme vérifie que les fichiers sont correctement copiés avant de les effacer).
# Un dernier script hfc_insert_fr.sh s'occupe ensuite de l'insertion des données de ces fichiers dans la base du HFC (l'insertion se fait en pratique en appelant le code Java hfc_insert).
# Les interfaces utilisateur ne nécessitent pas de mise à jour régulière, excepté EPN-TAP dont les vues matérialisées de la base gavo doivent être mises à jour pour correspondre aux derniers données de la base HFC.
h2. Organisation des fichiers produits par les codes
Il existe 2 types de fichiers produits par les codes (FRC), des fichiers au format .csv (i.e., fichier ASCII avec le caractère ";" comme séparateur) et des fichiers .jpg pour les images (quicklooks).
En principe un jeu de fichiers .csv et .jpg est produit pour chaque fichier d'observation (e.g., image, spectre) traité par un code.
h3. Les fichiers .csv
Les fichiers .csv contiennent les paramètres (données) extraits par les codes de détection, ainsi que toutes les informations (meta-données) relatives à l'observation.
Le tableau ci-dessous donne la liste des fichiers .csv à produire par les codes, leur contenu, les extensions standards de fichier attendues, et la ou les tables de la base dans lesquelles les données du fichier sont insérées.
|_.EXTENSION|_.CONTENU |_.TABLES HFC|
| _init.csv| contient les meta-données relatives à l'observation (e.g, résolution de l'image, nom et format du fichier, date de création, etc.) | OBSERVATIONS |
| _observatory.csv | contient les méta-données relatives à l'observatoire utilisé pour réaliser l'observation (e.g., type, nom, sous-instrument, caractéristiques, etc.)| OBSERVATORY |
| _frc_info.csv | contient les méta-données relatives au code de detection (e.g., nom, version, auteur, référence, etc.)| FRC_INFO |
| _feat.csv | contient les paramètres des features detectés (e.g., position, contour, intensité, etc.) | nom de la table liée au feature (e.g., "ACTIVEREGIONS" pour les régions actives) |
| _track.csv | contient les données relatives au suivi (tracking) des features | nom de la table tracking liée au feature (e.g., "FILAMENTS_TRACKING" pour le tracking des filaments) |
| _norm.csv | contient les méta-données relatives aux observations pré-processées (e.g., pré-traitement opérés, nouvelles caractéristiques, etc.) | PP_OUTPUT |
| _pp_info.csv | contient les méta-données relatives au programme de pré-traitement (e.g., nom, version, auteur, référence, etc.) | PP_INFO |
h3. Les fichiers .jpg
h2. Les interfaces utilisateur
Voir la page [[Interfaces]].